Pc Genoma

Recentment hem seqüenciat i analitzat funcionalment el genoma del fong nematofag aïllat 123 de Pochonia chlamydosporia (Larriba et al., 2014), obtingut de sòls supressius de Sevilla (Olivares-Bernabéu and Lopez-Llorca, 2002). El genoma del P. chlamydosporia, presenta una alta similitud amb el genoma del fong entomopatògen Metarhizium anisopliae, indicant un possible origen comú del parasitisme fúngic d'ambdós grups d'invertebrats (nematodes i insectes). El comportament endofític de P. chlamydosporia està justificat també per la similitud del seu genoma amb el d'altres fongs endòfits (no nematòfags). Finalment, l'expansió en el genoma de P. chlamydosporia de famílies d'enzims hidrolítics com les proteases i les glicosidases (GH) evidenciant el comportament multitròfic d'aquest versàtil agent de control biològic.

Codis d'accés

Els 8.574 contigs resultants de l'acoblament del genoma de Pochonia chlamydosporia (scaffolds) s'han dipositat en les bases de dades EMBL / GenBank / DDBJ amb els números d'accés GCA_000411695.1 i AOSWGS00000000

Proteïnes predites

Les seqüències de proteïnes predites en Larriba et al. 2014 estan disponibles per a baixar.

Descarrega arxiu fasta de proteïnes: P. chlamydosporia_proteins FASTA:

Pc-11079-proteins-TAG.fasta

Pc-11079-proteins-AUG.fasta

Transcrits predits

Les seqüències de transcrits predites en Larriba et al. 2014 estan disponibles per a baixar.

Descarrega arxiu fasta de proteïnes: P. chlamydosporia_transcripts FASTA:

Pc-11079-transcripts-AUG.fasta

Anotación parcial de los genes (7000) de Pochonia chlamydosporia

L'arxiu PcB1_Fg_MevsPC_gens.fasta conté la seqüència completa dels gens del genoma de P. *chlamydosporia, en aquest arxiu s'inclouen seqüències de gens que després de fer un blast bidirectional hit han presentat 1, 2, 3 i fins a 4 hits amb l'arxiu dels transcrits (el que hi ha pujat a fungalinteraction.org). S'ha realitzat una selecció d'aquells gens que han presentat un únic hit i que s'inclouen en l'arxiu (*gene_*hits.txt). La resta de gens s'estan depurant per obtenir les seqüencies de consens per a la totalitat de gens del genoma. A més, s'ha inclòs una clau mestra que relaciona la nomenclatura de tots dos arxius, el dels gens *PcB1_*Fg_*MevsPC_gens.*fasta i el dels transcrits (el que hi ha pujat a fungalinteraction.org).

Descarregra arxius:

PcB1_Fg_MevsPC_genes.fasta

clave_maestra_trans_y_genes_unicos.txt

gene_hits.txt

Citar per favor: Larriba et al. (2014) Fungal Genetics and Biology 65, pp. 69-80.

fungalinteractions.org

Sobre Mosatros

Benvinguts/des a Fungal Interactions (FI), la seu a Internet del laboratori del  Lluis V. Lopez-Llorca. Esperem que la visita a nostra web us siga profitosa. Nostra recerca esta relacionada amb l’estudi i aprofitament pràctic de les interaccions dels fongs amb altres organismes (especialment plagues i patogens) i amb el quitosà, un biopolimer amb activitat biològica obtingut de residus de l’industria marisquera

Subscripció a Notícies

Termes i Condicions

Posa´t en Contacte

Laboratori de Fitopatología
Telèfon
Ext. (Despatx)  Ext. (Laboratori)
Correu Electronic: fungalinteractions@gmail.com

 

Buscar