PC GENOMA
Pochonia chlamydosporia
¡¡ NUEVA ACTUALIZACION !! Hemos realizado un nuevo montaje, predicción y anotación de Pochonia chlamydosporia (isolate 123) genome. Ahora disponible en https://ncbi.nlm.nih.gov/ Recientemente hemos secuenciado y analizado funcionalmente el genoma del hongo nematófago agente de control biologico Pochonia chlamydosporia (Larriba et al., 2014) obtenido de suelos supresivos a nematodos fitópatogenos de Sevilla (Olivares-Bernabéu and Lopez-Llorca, 2002). El genoma de P. chlamydosporia, presenta una alta similitud con el del hongo entomopatógeno Metarhizium anisopliae, indicando un posible origen común del parasitismo fúngico de ambos grupos de invertebrados (nematodos e insectos). El comportamiento endofítico del hongo está justificado también por la similitud de su genoma con el de otros hongos endófitos (no nematófagos). Finalmente, la expansión en el genoma de P.chlamydosporia de familias de enzimas hidrolíticas como las proteasas y las glicosidasas (GH) evidencia de nuevo el comportamiento multitrófico de este versátil agente de control biológico. Códigos de acceso Los 8.574 contigs resultantes del ensamblaje del genoma de Pochonia chlamydosporia (Scaffolds) se han depositado en las bases de datos EMBL / GenBank / DDBJ con los números de acceso GCA_000411695.1 y AOSWGS00000000 Proteínas predichas Las secuencias de proteínas predichas en Larriba et al. 2014 están disponibles para su descarga. Descarga archivo fasta de proteínas: P. chlamydosporia_proteins FASTA: Transcritos predichos Las secuencias de transcritos predichas en Larriba et al. 2014 están disponibles para su descarga. Descarga archivo fasta de proteínas: P. chlamydosporia_transcripts FASTA: Pc-11079-transcripts-AUG.fasta Anotación parcial de los genes de Pochonia chlamydosporia El archivo PcB1_Fg_MevsPC_genes.fasta contiene las secuencias completa de los genes del genoma de P. chlamydosporia en este archivo se incluyen secuencias de genes que tras hacer un blast bidirectional hit han presentado 1, 2, 3 y hasta 4 hits con el archivo de los transcritos (el que hay subido a fungalinteraction.org). Se ha realizado una selección de aquellos genes que han presentado un único hit que se incluyen en el archivo (gene_hits.txt). El resto de genes se están depurando para obtener las secuencias consenso para la totalidad de genes del genoma. Además, se ha incluido una clave maestra que relaciona la nomenclatura de ambos archivos, el de los genes PcB1_Fg_MevsPC_genes.fasta y el de los transcritos (el que hay subido a fungalinteraction.org). Descarga archivos: clave_maestra_trans_y_genes_unicos.txt Citar por favor: Larriba et al. (2014) Fungal Genetics and Biology 65, pp. 69-80.
